dir6471 <- 'D:/DLPFC images/6471 mid'
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images = c("lowres", "hires", "fullres", "detected", "aligned"),
load = TRUE
)
head(counts(spe_6471_mid))
## 6 x 4992 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
## [[ suppressing 4992 column names 'AAACAACGAATAGTTC-1', 'AAACAAGTATCTCCCA-1', 'AAACAATCTACTAGCA-1' ... ]]
##
## ENSG00000243485 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000237613 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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##
## ENSG00000243485 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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##
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## ENSG00000239906 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##
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##
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##
## ENSG00000243485 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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##
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##
## ENSG00000243485 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000237613 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000186092 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## ENSG00000239945 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000239906 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##
## ENSG00000243485 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## ENSG00000186092 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## ENSG00000239945 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000239906 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##
## ENSG00000243485 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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##
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## ENSG00000238009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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##
## ENSG00000243485 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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##
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## ENSG00000239945 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000239906 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##
## ENSG00000243485 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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##
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##
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##
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##
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##
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##
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##
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##
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##
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##
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##
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##
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##
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## ENSG00000238009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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##
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## ENSG00000243485 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000237613 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000186092 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000238009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000239945 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000239906 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## ENSG00000243485 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000237613 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000186092 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000238009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000239945 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000239906 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## ENSG00000243485 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000237613 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000186092 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000238009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000239945 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000239906 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##
## ENSG00000243485 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000237613 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000186092 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000238009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000239945 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000239906 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##
## ENSG00000243485 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000237613 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000186092 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000238009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000239945 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000239906 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##
## ENSG00000243485 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000237613 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000186092 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000238009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000239945 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000239906 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##
## ENSG00000243485 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000237613 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000186092 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000238009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000239945 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000239906 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##
## ENSG00000243485 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000237613 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000186092 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000238009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000239945 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000239906 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##
## ENSG00000243485 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000237613 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000186092 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000238009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000239945 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000239906 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##
## ENSG00000243485 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000237613 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000186092 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000238009 . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000239945 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000239906 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##
## ENSG00000243485 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000237613 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000186092 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000238009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000239945 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000239906 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##
## ENSG00000243485 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000237613 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000186092 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000238009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000239945 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000239906 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##
## ENSG00000243485 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000237613 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000186092 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000238009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000239945 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000239906 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##
## ENSG00000243485 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000237613 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000186092 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000238009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000239945 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000239906 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##
## ENSG00000243485 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000237613 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000186092 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000238009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000239945 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000239906 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## ENSG00000243485 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000237613 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000186092 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000238009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000239945 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000239906 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##
## ENSG00000243485 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000237613 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000186092 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000238009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000239945 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000239906 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##
## ENSG00000243485 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000237613 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000186092 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000238009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000239945 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## ENSG00000239906 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
dense_counts_6471 = as.matrix(counts(spe_6471_mid))
counts_df_6471 <- as.data.frame(dense_counts_6471)
head(counts_df_6471)
norm_6471 <- normalize.quantiles(t(dense_counts_6471), copy = TRUE)
norm_df_6471 <- as.data.frame(norm_6471)
colnames(norm_df_6471) = rownames(counts_df_6471)
rownames(norm_df_6471) = colnames(counts_df_6471)
head(norm_df_6471)
assay(spe_6471_mid, "qnorm_counts") = t(as.matrix(norm_df_6471))
data_norm_long <- melt(norm_df_6471[1:5])
## Using as id variables
p <- ggplot(data_norm_long, aes(factor(variable), value))
p + geom_boxplot() + facet_wrap(~variable, scale="free")
#u <- uwot::umap(qnorm_counts(spe_6471_mid), n_neighbors = 2)
#reducedDim(spe_6471_mid, "UMAP_uwot") <- u
#reducedDims(spe_6471_mid)